Sejarah Program Studi Pendidikan Biologi Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam IKIP PGRI Madiun tidak terlepas dari sejarah induknya, yaitu sejarah IKIP PGRI Madiun. IKIP PGRI Madiun dirintis mulai tahun 1971 oleh Yayasan Pembina Perguruan Tinggi Madiun (YAPPERTIMA) dengan nama IKIP DAERAH MADIUN. Dalam memperjuangkan IKIP DAERAH MADIUN ini pada tahun 1974 melakukan konfederasi dengan IKIP Sarmidi Mangun Sarkoro yang berpusat di Malang dan berganti nama IKIP Sarmidi Mangun Sarkoro di Madiun. Konfederasi ini belum pula memberikan status. Akhirnya pada tahun 1975 IKIP Sarmidi Mangun Sarkoro di Madiun ini oleh YAPPERTIMA diserahkan kepada Pimpinan Daerah PGRI VIII Jawa Timur untuk dibina, kemudian namanya berganti menjadi IKIP PGRI Jawa Timur di Madiun. Berkat perjuangan yang tidak kenal lelah, maka pada tahun 1975 berdasarkan  Akte  Notaris Anwar Nahayudi No. 44 tanggal 13 Nopember 1975 mengusulkan status. Setahun kemudian tepatnya 17 Mei 1976 mendapat status terdaftar dari Kopertis Wilayah VI No. 85/I/76. IKIP PGRI Jawa Timur di Madiun dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 18 Pebruari 1985 diakui sebagai IKIP yang mandiri dengan nama IKIP PGRI Madiun, yang dibina oleh Yayasan Pembina Lembaga Pendidikan Perguruan Tinggi PGRI Kotamadya Madiun (YPLP PT PGRI Kotamadya Madiun). Yayasan ini didirikan dengan Akta Notaris R. N. Sinulingga, SH., tanggal 31 Mei 1985 No. 103 dan bertanggung jawab langsung kepada Yayasan Pembina Lembaga Pendidikan PGRI Pusat di Jakarta. Di dalam perkembangan selanjutnya kemandirian dan status terdaftar IKIP PGRI Madiun itu dikuatkan lagi dengan SK Mendikbud No. 0395/O/1986 tanggal 25 Mei 1986. Dengan demikian Program Studi Pendidikan Biologi IKIP PGRI Madiun secara yuridis formal didirikan  oleh Yayasan PGRI Daerah VIII Jawa Timur dengan Akte  Notaris Anwar Nahayudi No. 44 tanggal 13 Nopember 1975. Pada tanggal 31 Maret 1990 dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0174/0/1990 tentang Pemberian Status Terdaftar Kepada Jurusan Pendidikan Biologi Program Studi Pendidikan Biologi FP MIPA IKIP PGRI Madiun.

Seiring dengan adanya perubahan yang fundamental dalam dunia pendidikan tinggi di Indonesia, terutama dalam mengaselarsi dan adaptasi terhadap perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta perubahan ekspektasi masyarakat terhadap peranan perguruan tinggi dalam merintis masa depan bangsa dan negara, maka perguruan tinggi dituntut untuk mampu membuktikan mutu yang tinggi yang didukung oleh akuntabilitas yang baik. Oleh karena itu pemerintah dalam hal ini menteri Pendidikan dan kebudayaan mengadakan program akreditasi perguruan tinggi secara nasional yang dilaksanakan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT).  Untuk itu Program Studi Pendidikan Biologi  mengajukan usulan untuk diakreditasi. Kaprodi program studi pendidikan Biologi dan masa jabatan : (1). Drs. R. Soeprapto (tahun 1988 – 1992), (2). Drs. Soekarno (tahun 1992 – 1996), (3). Ir. Ani Sulistyarsi M.M., M.Si. (tahun 1996 – 1999), (4). Drs. R. Bekti Kiswardianta, M.Pd. (tahun 1999 – 2007), (5). Drh. C. Novi Primiani M.Pd. (tahun 2007 – 2011), (5) Sri Utami S.Pd., M.Pd. (tahun 2011 – 2015).  (6). Nasrul Rofiah Hidayati, S.T., M.Pd (2015-2019).

Akreditasi yang pertama dilaksanakan pada tahun 1999 dengan hasil Terakreditasi Peringkat Nilai C berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 024/BAN-PT/Ak-II/XII/2000, tanggal 14 September 2000.

Mengingat masa berlaku akreditasi dengan nilai C tersebut tiga tahun, maka pada bulan Oktober 2002,  Program Studi Pendidikan Biologi  mengusulkan ke BAN PT untuk reakreditasi dan hasil Terakreditasi Peringkat Nilai C. Hal tersebut dituangkan dalam Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 003/BAN PT/Ak-VI/S1/III/2003 Tanggal 17 Februari 2003. Sesuai dengan ketentuan, bahwa sebelum masa berlakunya SK berakhir program studi harus mengajukan reakreditasi untuk tiga tahun ke depan, maka Program Studi pada bulan Oktober 2005 mengajukan reakreditasi.  Hasil dari reakreditasinya yakni Terakreditasi Peringkat Nilai C sebagaimana yang dituangkan dalam Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 028/BAN-PT/Ak-IX/S1/I/ 2006 Tanggal 26 Januari 2006. Kemudian pada re-akreditasi pada tahun 2009 Program Studi Pendidikan Biologi mendapat nilai B. Berdasarkan SK PT No. 035/BAN-PT/Ak-XI/S1/I/2009 nilai akreditasi meningkat menjadi B, pada tanggal 1 Januari 2009. Pada bulan oktober Program Studi Pendidikan Biologi dapat mempertahankan nilai akreditasi B. Berdasarkan SK PT No. 396/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2014 Program Studi Pendidikan Biologi terakreditasi dengan nilai B.